El compañero tienes razon el indice de la tabla user esta por todos lados en la base de datos de Drupal y es complicado intentan reestablacer solo los usuarios desde una backup, sobre todo si utilizas CCK.
Yo te recomendaria utilizar el
backup y migrate. Este modulito te permito hacer respaldos de la base datos y lo mejor es que puedes restablecer la bd a un estado anterior desde el mismo modulo. Así si solo lo que quieres es conservar los usuarios borras el contenido que hayas creado y listo.