Hola, no sé si te refieres al active-x (pinchar para que la película corra) que te pide explorer y opera para activar tu película, si es eso, la solución es insertar tu swf usando swfobject. Te dejo un enlace:
http://www.mediavilla.name/index.php...swfobject_2/es
En la red hay bastante información sobre swfobject y puedes agregarle todos los parámetros que necesites; WMODE=transparent, etc...
saludos