Seguramente lo que hiciste es sobreescribir la función en lugar de "sobrecargarla". Intentá algo así:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
<script type="text/javascript">
window.alert = function(native) {
return function(m,scope) {
if(!scope)
native(m);
else
scope.innerHTML=m;
}
}(window.alert);
onload=function(){
alert('hola',document.body);
alert('pp');
alert('chau',document.body);
alert(':)');
}
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>