Un poco tarde pero ahí va mi opinión.
El código para centrar que utiliza en #contenedor es demasiado peligroso. En este caso no debería utilizarse. Pruebe a modificar (reducir) la altura de la ventana del navegador.
Cambie todo el absolute, márgenes negativos y porcentajes por lo siguiente:
Código CSS:
Ver original#contenedor {
position: relative;
border: 15px solid #000000;
height: 738px;
margin: 0 auto;
width: 994px;
}
y añada a su css algún reset (aunque sea el mini reset).
Verá que el centrado horizontal se mantiene, con independencia de que cambie el tamaño de la caja o de los bordes (aunque sean distintos en cada lateral).
Y sí, mi propuesta no centra en la vertical, pero ¿quién lo necesita con una altura de casi 800px?