Cita:
Iniciado por daPhyre 
Agrega un ID a tu CSS ( id="cssId" ), luego para cambiarlo en JavaScript es:
Código:
document.getElementById('cssId').src='otroEstilo.css';
Suerte
Muy buena idea, también puede cambiarse directamente el nombre del css después del condicional pero esta solución es más elegante.
Saludos!
