Google, por defecto, lo indexa todo. Si tu no quieres que te index "marcos sueltos", sino que indexe sólo las páginas que "arman" los marcos. Díselo a Google y el obedecerá.
Pones en la página que monta los marcos:
<meta name="Robots" content="Index">
Y en las otras páginas, las que no quieres que indexe:
<meta name="Robots" content="No Index">
Hecho, es simple
