Te recomiendo que leas este artículo:
Yo la verdad es que aun no me he metido lo suficiente en ambas plataformas como para poder opinar.
http://www.javahispano.org/articles....e.action?id=55
Espero que te sea de ayuda
Por cierto el título de tu mensaje debería ser ".NET vs J2EE? " el VS solo es una herramienta de desarrollo