Normalmente lo que se hace es poner todos los archivos que están dentro de la carpeta wordpress en la raíz de tu server, pero tranquilo, que el mundo no se va a acabar
En la configuración de tu Wordpress hay varias opciones, entre ellas dos que tienen la dirección de tu instalación:
En la opción
Site Address o Dirección del Sitio si es que lo tienes en español, pones la raíz de tu dominio, de todas maneras mira este link
http://codex.wordpress.org/Giving_Wo..._Own_Directory
Saludos