Pantallas confirm()

[Naahuel]

No, no se puede. Esa ventanita que se obtiene tendrá el estilo que el navegador le aplique y que tenga también el administrador de ventanas del sistema operativo. Es decir, variará dependiendo de dónde se lo vea.
Una alternativa es usar el cuadro de diálogo de jQuery UI. Ese si lo podés estilizar cuanto quieras (sin mencionar que es menos molesto, aunque más complicado de tratar):
http://jqueryui.com/demos/dialog/
En examples tenés el "Modal Confirmation" el cual se asemeja a lo que querés.