Estado "active" menu con 'removeClass' 'addClass'

[masterpuppet]

Que tal pixelado,

lo primero no te funciona porque es códig para jQuery y estas utilizando Mootools, con respecto a porque el color no te lo respeta es porque tenes una regla css de mas peso sobre el a, para solucionarlo deberias aplicarle el estilo directamente al a, algo asi:

Código Javascript:

...
onActive: function(toggler, element){
  toggler.getElement('a.link').setStyle('color', '#000'); 
  toggler.setStyle('background', '#FF0044'); 
},
onBackground: function(toggler, element){
  toggler.getElement('a.link').setStyle('color', '#999');
  toggler.setStyle('background', '#FFF');
}
...
 

Saludos.