hola Juvas...
el problema es que no estas redireccionando bien la carpeta de tus reportes
por ejemplo tienes la siguiente estructura de instalacion de tu aplicacion
-- app_install
---- app.jar
---- report
-------- reporte1.jasper
-------- reporte2.jasper
---- etc
entonces tendrias que hacer referencia al archivo reporte1.japer
primero tienes que averiguar la ubicacion desde donde estas ejecutando tu aplicación
y eso lo puedes hacer con
el resultado seria por ejemplo c:\archivos de programa\app_install
a esta dirección tienes que adicionarle la direccion de tu archivo
eso seria todo, OJO tendrias que verficar que SO esta corriendo para colocar "/" o "\", de esta forma evitar problemas con Linux, MacOS y windows
saludos