Cita: y el VirtualDubMod, que los edita muy bien, se niega a unirlos si vienen de diferentes vídeos originales.
Es muy posible que no tengan el mismo codec de compresión de vídeo y audio, a misma resolución o la misma frecuencia de audio, tal como dice aca:
Unir archivos AVI u OGM con VirtualDubMod.
En este site tenes muchas soluciones a los problemas de video y variantes para resolverlos.
Es una muy buena fuente de recursos...