Pues me imagino que lo que quieres es crear una tabla diseñada en java en mysql.
generas el codigo
Código:
create table prueba(
id int,
descripcion varchar(100),
prymary key (id)
);
y lo ejecutas desde java.. eso como si lo estuvieses haciendo desde MySql.
yo tengo algo similar hecho y lo ejecuto mediante un SP en mysql en el cual el create table lo mando como parametro.
bueno espero te sirva la verdad la pregunta es muy abierta pero creo que es lo que necesitas...