Lo importante es que si tu sitio crece, lo haga siempre hacia adentro. Puedes crear tantas subcarpetas dentro de subcarpetas como quieras, pero siempre dentro de la carpeta raíz.
Si necesitas acceder a una carpeta que quede fuera es cuestión entonces de que le digas a DW que el directorio raíz sea otro que incluya a ambas carpetas.
Teniendo el sitio creado puedes editarlo cuantas veces quieras y cambiarle lo que quieras. Yo a veces necesito que me incluya dentro del sitio una carpeta que está fuera y le redefini el sitio y le cambio la carpeta raíz a una que incluya a ambas carpetas.
Si abres la ventana de Sitio en DW verás que te muestra el arbol de archivos y directorios de tu sitio. Fíjate que lo que quede fuera (por encima) no te lo lista. Para DW sólo existirá de la carpeta raíz hacia adentro.
Eso no quiere decir que si tienes más de una web (sitio) hayas de tenerlo todo en la misma carpeta. Puedes crear tantos sitios en DW como quieras, cada uno con su directorio raíz diferente.
Lo bueno es que si te funciona local, te funcionará correcto en el servidor y te ahorrará muchos dolores de cabeza a la hora de publicar.
