buenas...
no logro entender a que te refieres con aplicacion de escritorio. ¿podrias explicar lo que entiendes por ello? si te refieres a una aplicacion que funcione en el sistema operativo pues eso dependera de cada sistema operativo. recuerdo que en windows hay un ejecutable que funciona parecido a un navegador, es decir, evalua codigo html, css, javascript y creo que otras cosas mas. lo unico que tienes que hacer es cambiar la extension *.html por otro, no recuerdo si era *.mhtml o algo parecido. fijate que ya eso no trabaja en entorno web sino a nivel de escritorio. como ya indique, cada sistema operativo tiene su propia aplicacion o puede que ninguno.
¿quizas te refieres a los gadget de escritorios? o sea, aplicaciones como Google Desktop, el SideBar de Windows Vista, el de Mac no recuerdo como se llama. en fin, al menos Google Desktop y el de Mac utilizan javascript pero no se si son basados en HTML o si tienen su propio lenguaje de marcado. toca investigar si es este tipo de aplicacion al que te refieres como escritorio.