Bueno lo que sucede es que el código xml lo puedes encriptar pero no va a estar en formato xml, tienes que hacerlo en un archivo y que el lenguaje que hayas usado o el programa que hayas usado interprete lo que hayas encriptado, un ejemplo usando PHP
   
Código PHP:
Ver original<?php
function cryptMessage($message, $key){
    /* Open the cipher */
 
    /* Create the IV and determine the keysize length, use MCRYPT_RAND
     * on Windows instead */
 
    /* Create key */
 
    /* Intialize encryption */
 
    /* Encrypt data */
 
    /* Terminate encryption handler */
 
    return array('crypt' => $encrypted,          'key' => $key, 
        'iv' => $iv);
}
 
function decryptMessage($encrypted, $key, $iv){
    /* Open the cipher */
 
    /* Initialize encryption module for decryption */
 
    /* Decrypt encrypted string */
 
    /* Terminate decryption handle and close module */
 
    /* Show string */
}
 
$xml = <<<XML
<main>
    <content>
        <foo>foo</foo>
        <bar>bar</bar>
    </content>
</main>
XML;
$key = "llave secreta";
 
$crypt = cryptMessage($xml, $key);
echo '<p>-----------------------------------------<p>';
echo decryptMessage($crypt['crypt'], $crypt['key'], $crypt['iv']);