Rotador de DIV con efecto de transicion

[dggluz]

Martin_8: debes modificar progresivamente la propiedad opacity (entre 0 que es transparente, y 1 que es opaco), del estilo de los divs según corresponda (para IE es la propiedad filter, seteando el alpha en un valor entre 0 y 100). Panino5001 escribió un genial artículo sobre cómo hacer transiciones en JavaScript.
Personalmente, también modificaría un poco otras cosas de tu código:

Código Javascript:

var rotador=function(imgs, fn)
{
    var i=0;
    fn=fn || function(x){return x;};    // La función del efecto, tanto el dominio como la imagen deben ir de 0 a 1
    var rotar=function()
    {
        for(var j=0; j<imgs.length; j++)
        {
            imgs[j].style.display='none';
        }
        var aparecer=function(img)
        {
            var start=new Date().getTime();
            var tiempoTransicion=500;    // En ms
            var transition=function()
            {
                var now=new Date().getTime();
                var progress=(now - start) / tiempoTransicion;
                if(progress<1)
                {
                    img.style.opacity=fn(progress);
                    setTimeout(function(){transition();}, 20);
                }
                else
                {
                    img.style.opacity=1;
                }
            };
        };
        // %
        imgs[i % imgs.length].style.display='block';
        aparecer(imgs[i % imgs.length]);
        i++;
        setTimeout(function(){rotar();}, 2000);    // 2000 ms de tiempo de cada imagen
    };
};
rotador([document.getElementById('div1'), document.getElementById('div2'), document.getElementById('div3')], function(x){return x * x;});
 

Espero que con esto tengas una base de ayuda para seguir. Cualquier cosa volvé a preguntar. ¡Suerte!

PD: no probé el código, pero supongo que debería funcionar, salvo para IE.