segun lo que veo, el codigo php no parece insertar el salto de linea. quizas sea la forma como prototype.js agrega el contenido.
Cita: Bien, cuando quería comparar con texto cualquier cadena de texto, nunca me funcionaba el if,
puedes atacar el problema de otra forma. en lugar de comparar directamente el string con otro, utiliza expresiones regular para determinar si existe la secuencia requerida. de este modo, no importa si existe el salto de linea o no, te debe funcionar.