Hola
Hace mucho yo tuve un problema similar al que comentan. Gracias a Dios lo pudimos resolver, ya que estuvimos como una semana investigando, probando,.... investigando, probando,... hasta que pudimos resolver el problema.
Solo dos consejos les doy, espero poder ayudarles a resolver el problema.
1. Ya lo han mencionando varias veces. Cambiar las contraseña de los FTP's, pero por contraseñas más fuertes, ejemplo: j%E0PSw7
Esto nos ayudó a resolver el rpoblema como al 60%
2. Y lo otro, no se si me van a creer jeje, con un buen antivirus, scanen el sitio, pero lo que tienen en sus computadoras (localmente). Yo había tenido varias partcipaciones sobre este tema. Lo pueden ver en estos dos post.
Este fué cuando yo estaba pasando el problema:
http://www.forosdelweb.com/f118/viru...dpress-729958/
Y este otro, fué cuando otra persona tenía un problema similar:
http://www.forosdelweb.com/f4/codigo-malicioso-851992/
Solo un último detalle. En esa ocasión lo revisamos con el antivirus AVG versión 7. El antivirus encontró algo y nos indicaba los archivos que tenía ese código malware.
Otro detalle. En ese momento, eramos 3 personas que trabajabamos el sitio web. En el servidor, borrabamos los archivos infectados y localmente también. Scaneabamos la carpeta del sitio (localhost). Pero si uno de los compañeros, no lo hacía y sobrescribía de nuevo el archivo en el servidor, el problema retornaba. Al final, los 3 nos aseguramos de tener nuestras carpetas limpias y el problema no volvió.
Luego seguimos los pasos que Google da, para este tipo de problemas. A la semana, Google quitó el mensaje de que el sitio era peligroso.
Saludos