Hola. Viendo el código de tu sitio web puedo darme cuenta por qué tienes problemas de alineamiento o de que se van a otra nueva línea tus flashes. Si no deseas meterte muy profundo a CSS y arreglar rápidamente el problema sugiero que utilices tablas integralmente para colocar cada elemento que conforma tu página, ya que en este momento, tus <embed> codigo </embed> los tienes en párrafos <p></p> y la manera de tratarlos de cada navegador es distinta. En cambio, si usaras tablas con celdas <td></td> para cada flash tendrías más control sobre su posición en la página, ya que ambos navegadores tienden a tratarlas igual.
No es la manera ideal pero es la solución más rápida y sencilla.
Otro consejo sería que cuando hicieras cambios en tu página, con cada cambio la probaras en ambos navegadores para que sea más constante y no te encuentres sorpresas como ésta.
