analiza esto:
Código HTML:
<form action="" method="post">
<div id="files">
<div class="file" id="file1">
<input name="opciones[0][text]" type="text">
<input name="opciones[0][opc1]" type="checkbox">
<input name="opciones[0][opc2]" type="checkbox">
<input name="opc3" type="checkbox">
<a name="file1" href="#">Quitar</a>
</div>
<div class="file" id="file2">
<input name="opciones[1][text]" type="text">
<input name="opciones[1][opc1]" type="checkbox">
<input name="opciones[1][opc2]" type="checkbox">
<input name="opciones[1][opc3]" type="checkbox">
<a name="file2" href="#">Quitar</a>
</div>
<div class="file" id="file3">
<input name="opciones[2][text]" type="text">
<input name="opciones[2][opc1]" type="checkbox">
<input name="opciones[2][opc2]" type="checkbox">
<input name="opciones[2][opc3]" type="checkbox">
<a name="file3" href="#">Quitar</a>
</div>
</div>
<input type="submit" name="send" value="Enviar">
</form>
al recibir el $_POST todo deberías estar agrupado, prueba así:
Código PHP:
print_r($_POST);
¿que observas?