Deberías de hacer un post por cada duda que tengas, de esa manera ayudas a tener el foro organizado.
Depende de lo quieras, tu algoritmo puede ser tan complejo o sencillo como lo necesites.
La verdad no se que criterios sigas para hacer esta diferencia entre 2 strings en cualquiera de los casos tienes 2 opciones
Longest Common Substring o
Longest Common Subsequence