Simplemente usa jQuery.noConflict() y listo!
Cita: $.noConflict();
jQuery(document).ready(function($) {
// Aqui va el codigo jquery que quieres utilizar (puedes usar "$" )
});
Deberias pasarte a jQuery, tiene mucha mas documentacion y lo utilizan sistemas y empresas tales como Wordpress, Dell, Mozilla, Technorati etc. Para probar lo de la extensa documentacion solo busca jQuery en google y te arroja 54.600.000 resultados, cuando mootools solo arroja 4.130.000 resultados
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