Antes que meterte a crear indices (que esta bien la idea) deberías optimizar la consulta que haces y utilizar un INNER JOIN para unir las tablas.
Código SQL:
Ver originalSELECT peticion.id, contenido.texto
FROM peticion p
INNER JOIN contenido c ON
p.id=c.peticion_id
WHERE p.tipo_peticion_id=100
AND c.subid1=1
AND c.subid2=1
ORDER BY p.id DESC