Hola por acá, soy de la opinión que para eso lo mejor es usar menús, así vas creando cada uno de ellos y los ajustas a tu gusto, todo sin meterte en el código una vez que estén creados:
http://codex.wordpress.org/Function_...ce/wp_nav_menu
Pongo un par de ejemplos:
1. Este mismo, donde se necesita ocultar una (o varias) categorías, puedes crear un menú que muestre las categorías y mostrar solo las que deseas.
2. Tienes varias páginas, Ej: Contactos, Acerca de, Servicios, pero también tienes Políticas de uso, que no es un tipo de contenido que se suele mostrar en el top de la página, como las otras, y puedes crear un menú donde no muestres esta página y lo coloques allí, otro donde si la muestres en el footer, junto con otros contenidos que suelen ser secundarios, como Licencia y cosas así.
3. Puedes crear un menú donde muestres las páginas y categorías más importantes.
4. Feel free
Me he extendido un poquito en los ejemplos, pero creo que sirven para lo que se plantea en este post y un poquito más y además, les puede ser útil en caso de que trabajen para un cliente que no tiene porqué meter los piecitos en el código
Saludetes desde La Habana