Buenas, antes que nada, yo no le pondria el else y dejaria solo el windows.close(), asi:
Código PHP:
<script>
funcion confirmar2(){
if(confirm('Esta seguro de terminar la atencion?')){
window.close()
}
}
</script>
Segundo, podrias poner el codigo completo, o por lo menos la llamada a la funcion confirmar2, ya que el error puede estar ahi tambien.
Espero tu respuesta.
Saludos