Que tal 
memoadian, 
Si lo miras con firebug te vas a dar cuenta de lo que sucede, estas sobreecribiendo el request, en realidad  en tu caso precisas 1 objeto xmlhttprequest por peticion, deberias separar la creacion del objeto del updater, podria ser algo asi:  
index.html   
Código HTML:
Ver original- <title>- Refresca un div tag sin necesidad de refrescar toda la pagina </title>
 
-         <h3>- Refrescar div's tag con Ajax </h3>
 
Código PHP:
Ver original- // Formateamos la salida de la variable. 
-   
- $str = "It is %a on %b %d, %Y, %X - Time zone: %Z"; 
-   
- // Printeamos el resultado 
-   
Código Javascript
:
Ver original- function newXMLHttpRequest(){ 
-     var xmlHttp; 
-     try{ 
-         xmlHttp=new XMLHttpRequest(); // Firefox, Opera 8.0+, Safari 
-     } catch (e){ 
-         try{ 
-             xmlHttp=new ActiveXObject("Msxml2.XMLHTTP"); // Internet Explorer 
-         } catch (e){ 
-             try{ 
-                 xmlHttp=new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP"); 
-             } catch (e){ 
-                 alert("Tu explorador no soporta AJAX."); 
-                 return false; 
-             } 
-         } 
-     } 
-     return xmlHttp; 
- } 
-   
- var requests = {} 
-   
- function refreshdiv(url, container, seconds){ 
-      
-     if(!requests[container]) requests[container] = newXMLHttpRequest(); 
-     var xmlHttp = requests[container]; 
-     // Timestamp for preventing IE caching the GET request 
-     var fetch_unix_timestamp = '';// lets declare the variable 
-   
-     fetch_unix_timestamp = function() { 
-         return parseInt(new Date().getTime().toString().substring(0, 10)) 
-     } 
-   
-     var timestamp = fetch_unix_timestamp(); 
-     var nocacheurl = url + '?t=' + timestamp; 
-      
-     xmlHttp.onreadystatechange = function() { 
-         if(xmlHttp.readyState==4){ 
-             document.getElementById(container).innerHTML = container + '::' + xmlHttp.responseText; 
-             setTimeout(function(){refreshdiv(url, container, seconds)}, seconds * 1000); 
-         } 
-     } 
-     xmlHttp.open('GET', nocacheurl, true); 
-     xmlHttp.send(null);  
- } 
-   
-   
- window.onload = function startrefresh(){ 
-     refreshdiv('tiempo.php', 'timediv', 1); 
-     refreshdiv('tiempo.php', 'timediv2', 3); 
-     refreshdiv('tiempo.php', 'timediv3', 5); 
-     refreshdiv('tiempo.php', 'timediv4', 8); 
- } 
lo que deberias hacer es cambiar las opciones en refreshdiv por las correspondientes a tus 4 peticiones. 
Saludos.