Trata usando el flag de QSA ([L,QSA]) y también debes usar RewriteCond. La razón es que le estás indicando que ejecute el primero y hasta ahí pare, por el uso del flag [L]. Otra forma de hacerlo es así
Código Apache:
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# RewriteCond ........
RewriteRule /([^/]*)/?$ index.php?mod=$1 [L]
# RewriteCond ........
RewriteRule /([^/]*)/([^/]*)/?$ index.php?mod=$2&id=$3 [L]