Es bastante común que Linux (asumo de nuevo que usas alguna distro basada en Linux) use casi completamente la memoria, lo importante es que el servidor no haga swap permanentemente
No puedes solicitar al proveedor del primero que el setup no sea en RAID? yo pondría ese con 1 disco para sistema operativo y backup, otro para el directorio de las webs y el tercero para MySQL, de esta forma ese sin duda sería el mas veloz
La diferencia de rendimiento del 5504 al 5520 es de apx 25% en favor del 5520
Espero que estos datos te ayuden a tomar la mejor decisión o recibir otras opiniones
Puedes consultar esta tabla que compara el rendimiento de los 3 CPU (junto con otros más)
http://cpubenchmark.net/high_end_cpus.html
Por supuesto el rendimiento del CPU no es todo y los discos raptor son famosos por su velocidad