Entiendo que lo mas facil es:
1- Incluir modulos de la cabecera (header, menus, banners, etc.)
2- Incluir el modulo que debera mostrar contenido
3- Incluir modulos al final de la pagina (mas menus, pie de pagina, creditos, etc.)
Lo ideal seria:
1- Verificar sesion y permisos de usuario
2- Analizar la URL para determinar el modulo que se va a mostrar
3- Incluir el archivo del modulo correspondiente y dentro de el:
a) Comprobar si se va a procesar un formulario
b) Redireccionar si es necesario (sesion no iniciada, el formulario se proceso correctamente, el contenido buscado no existe, etc.)
c) Incluir los archivos necesarios para el encabezado
d) Mostrar el contenido de la pagina
e) Incluir los archivos necesarios para el pie de pagina
Puede parecer mucho trabajo el tener que estar repitiendo los pasos c) y e) en cada script, pero es la forma en que puedes tener siempre control sobre el momento en que se inicia la salida, ademas de que te permite manipular facilmente ciertas etiquetas que ayudan a procurar mejor posicionamiento en buscadores, como title, h1 y meta para descripcion y palabras clave.
Lo de vaciar el buffer de salida me parece una opcion ideal para tratar de mostrar informacion cuando se sabe que el proceso del script va a tardar un tiempo y, segun el manual de php, puede no funcionar en ciertos navegadores, esto incluye el envio de encabezados adicionales, por eso la afirmacion de "no es posible", aunque tal vez debi decir, es posible, pero poco probable.
