Te tengo una solución bastante sencilla y que a mí, particularmente, me ha servido y sigo usando:
El Nero Burning tienen un programilla, adjunto, que se llama el
Nero Wave Editor. Con este programa puedes ver tu música en imágen (frecuencia, etc.) y sencillamente seleccionando la parte que deseas y borrandolo con la tecla (delete) ya lo tienes.
Pruebalo y nos cuentas!!!