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Iniciado por caricatos 
Hola:
java y javascript son dos lenguajes distintos.
No pueden existir 2 elementos con el mismo nombre, así que en principio deberías redefinir uno, y cuando se necesitan más de un resultado, se pueden hacer operaciones lógicas, que en este caso supongo que sería el Y lógico.
onsubmit="return (validar1(this) && validar2(this))"
Saludos
Coloque como me indicaste pero solo me funciona el primer scrip :
Pagina:
Código PHP:
<body>
<form onsubmit="return (validar1(this) && validar2(this))" method="POST" name="loginForm" action="hol.php">
<p><input type="text" name="Declara1" size="20"><br>
<input type="checkbox" name="C1" value="ON"><br>
<input type="checkbox" name="C2" value="ON"><br>
<input type="checkbox" name="C3" value="ON"><br>
<input type="checkbox" name="C4" value="ON"></p>
<p><br>
<input type="submit" value="Enviar" name="B1" ></p>
</form>
</body>
Java:
Código PHP:
<script language="JavaScript">
function validar1(form)
{
if (form.Declara1.value == "")
{
alert("DEBE INGRESAR EL NUMERO DE PADRON");
return (false);
}
var stripped2 = form.Declara1.value.replace(/[().- ]/g, '');
if (isNaN(parseInt(stripped2)))
{
alert("EL PADRON CONTIENE CARACTERES NO VALIDOS");
return (false);
}
if (stripped2.length < "7")
{
alert("EL PADRON DEBE CONTENER 5 DIGITOS");
return (false);
}
}
function Validar2 (f) {
var checked = false, e, i = 0
while (e = f.elements[i++]) {
if (e.type == 'checkbox' && e.checked) checked = true
}
if (!checked) {alert ('SELECCIONE UN TRIMESTRE A PAGAR')}
return checked;
}
</script>