hola viri..
para conectar Java con SQLserver primero verifica que este abierto el puerto 1433, por defecto esta cerrado
utiliza el driver jtds que lo puedes descargar de http://sourceforge.net/projects/jtds/files/
y por utlimo la conexion mediante JDBC utilizando JTDS
Código java:
Ver originaldataSource.setDriverClassName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
dataSource.setUrl("jdbc:sqlserver://localhost:1433;databaseName=prueba");
para conectarte mediante JDBC puedes ver esta pagina
http://mpdeveloper.blogspot.com/2011/02/swing-y-spring-dao.html