crear un arreglo dentro de otro

[Heimish2000]

Es que deberías crear una clase estudiante y dentro de esa clase tener un array de materias (que debería ser otra clase) con sus notas (atributo de la clase materias). De esa forma, al crear un estudiante y meterlo en el array "principal" (aunque deberías utilizar una lista porque los arrays no se pueden redimensionar) se creará dentro del estudiante el otro array (el de materias, que contendrá las notas)

Si lo quieres hacer a lo cutre (pero estropeas todo el paradigma de orientación a objetos) tienes que declarar un array de tres dimensiones.