Podés poner en el array el código completo directamente, en lugar de sólo las rutas. Algo asi:
Código Javascript
:
Ver originalvar array_imagenes = [
["<a href='www.sitio1.com'><img border=0 src='deposito/banner_rotativo/imagen1.jpg' /></a>"],
["<a href='www.sitio2.com'><img border=0 src='deposito/banner_rotativo/imagen2.jpg' /></a>"]
]
Y después agregarlo así:
Código Javascript
:
Ver originald.innerHTML = array_imagenes[cont][0];
No lo he probado, pero debería funcionar.