Ten en cuenta que no soy usuario de CI, pero baje la última version para probar y lo único que tuve que hacer fue cambiar en el config.php esto:
por esto:
Código PHP:
Ver original$config['uri_protocol'] = 'PATH_INFO';
agregar el # al final de:
Código PHP:
Ver original$config['permitted_uri_chars'] = 'a-z 0-9~%.:_\-#';
y me funciona correctamente, si quito el # salta el error que tu mencionas.