El Modelo ve toda la logica de negocio, la persistencia (si aplica) de los datos, e usar otros modelos si necesita para generar los datos necesarios.
El controlador solamente es una capa de transferencia de datos, lee el concepto "fat models, thin controllers" es un error querer implementar toda la lógica de negocio en el controlador porque eso te lleva a duplicar código.
Supongamos que tienes dos controladores que son similares ya que usan el mismo modelo pero varian dependiendo de su nivel seguridad, si toda la logica de negocio esta en ellos, tienes que repetir el código en ambos, en cambio si este pertenece al modelo te evitas ese problema y haces tu sistema más mantenible.
Te recomiendo leer esto:
http://weblog.jamisbuck.org/2006/10/...ller-fat-model
Saludos.