Opcion 1: con IE , desarolla un activex que se enlace a tu sitio por medio de JS/AJAX y este sea el puente php/dll; la ejecucion es en con el cliente (o servidor mediante la programacion)
Opcion 2: create un webservice en alguna aplicacion visual y comunicalo con el PHP; la ejecucion en donde esta instalado el webservice
Opcion 3: Utilizar COM , solo para PHP en servidor Windows, esto permite ejecutar cosas de windows; la ejecucion es en el servidor
http://es.php.net/COM