Hola otra vez:
 
Hice esas pruebas que te comentaba y da buenos resultados, aunque queda por trabajar... 
En un principio se pueden poner varios iframes de esta manera:  
 Código PHP:
    <iframe src=prueba45bis.html name=reloj1></iframe>
<button onclick="reloj1.iniciaReloj()">Empezar</button>
<button onclick="reloj1.mostrando()">Estado</button> 
    
  Un problema es que los iframes dejan un borde, y para pasar valores desde el iframe, solo lo he logrado con funciones del "parent"... entonces pensé que se podrían usar unos parámetros en las funciones, y tener el iframe oculto  
 
  
Seguiré con las pruebas... 
Saludos  
