Primero voy a ocuparme del diseño. creo que lo que quieres es que al escribir en el div derecho no afecte el menu-izq, pues bien dentro del html debrias tenerlo estructurado de la siguiente manera
Código PHP:
<div id="main">
<div id="menu-izq">menu izquierda</div><div>hola main</div>
</div>
en vez de:
Código PHP:
<div id="main">hola main<div id="menu-izq">menu izquierda</div>
de esta manera sin importar lo que escribas en el div derecho, no se vera afectado el menu izquierdo. Para alinear el menu-izq al div main, no hay nada mejor que un float: left, de esta manera:
Código PHP:
#menu-izq{
display:block;
background-color:#f9be78;
width:208px;
height:200px;
float: left;
}
Por ultimo, creo que la mejor forma de reemplazar un iframe o frame (segun sea el caso) es por medio de AJAX.