Si mira, el problema que comentas es muy sencillo.Primero, lo que yo haría para evitar posibles problemas futuros sería que colocar las div que quieres "fijas" fuera de la div contenedor y asignarles a estas div con
position:fixed; una altura con porcentaje. Sería algo así:
Código CSS:
Ver original#contenedor{
position: relative;
width: 900px;
height: 1000px;
margin: auto;
}
#top{
background-color: aqua;
position: fixed;
top:0px;
width: 100%;
height: 20%;
}
#bottom{
background-color: aqua;
position: fixed;
bottom:0px;
width: 100%;
height: 20%;
}
Con esto evitarás que se te solapen al hacer zoom.