Yo no sé explicarlo mejor que en la wikipedia :
http://es.wikipedia.org/wiki/Dominio_de_nivel_superior
Respecto a la preferencia, creo que no existe por el propio dominio, sino que es a través de una búsqueda donde se pueda dar mayor peso a unos u otros.
En general, los dominios .edu están muy bien valorados a la hora de conseguir enlaces, etc.
El caso es que si yo busco un restaurante en Madrid, Google tratará de ofrecerme resultados "cercanos", y uno de los puntos a tener en cuenta es que el domino sea ".es", pero habrá otros factores, por lo que pueden aparecer otros tld (de hecho acabo de hacer la prueba y no sale ningún .es en los resultados)