Me autorespondo:
El problema está en la forma de llamar a la función javascript.
Vi que en unos sitios tenía
<a href="javascript
:editar()">....
y en otros tenía
<a href="#" onClick="javascript
:editar()">...
Bien, para evitar llamar antes al onbeforeonload, hay que hacerlo de la segunda forma o bien teniendo un evento on sin <a href> y que sea la función la que haga submit.
Un saludo.