La forma más simple es usar el interprete de comandos mysql dsde una ventana de símbolo d sistema:
Código:
mysql -uusuario -pclave <nombreyrutadearchivo.sql
Pero puntualmente en tu caso yo me preguntaría ¿por qué estás usando una versión obsoleta, defectuosa y descartada de MySQL?
MySQL Server 6.0 fue una versión alfa fracasada y rápidamente eliminada, nunca tuvo versión GA y todos los elementos que se desarrollaron para ella terminaron en la versión 5.1.x, que fue la que la suplantó.
¿No sería mejor que por lo menos instales la 5.1.2 o posterior? Evitarás tropezarte con todos los bugs que transformaron ese servidor en basura.