formatear en linux

[AlvaroG]

Eso no es un problema que evite la escritura, además Linux no necesita activar eso, solamente Windows. Además, si es un disco externo no necesariamente vas a querer arrancar el PC desde allí, por lo que no es obligatorio activar una partición como "arrancable".
Si de todas formas te querés deshacer de la advertencia, simplemente marcale la partición primaria que estés creando como booteable y listo.

Saludos.