Cita:
Iniciado por sebacomas 
O sea si tengo que hacer una transicion de imagenes por ejemplo tanto java script como flash van a tener un codigo que se pone en el body, (...)
Si tu intención es ir—además—por el posicionamiento de las imágenes incrustadas en la página; yo te recomiendo: ninguno de ambos.
Si de además de navegadores, tu público objetivo utiliza dispositivo móviles; entonces sólo Javascript.
En cualquiera de los casos; lo que tenga el objeto inscrustado sigue siendo—todavía—bastante inescrutable de mano de los motores de búsqueda. Si la info que contiene no te preocupa que tenga inconvenientes en ser indexada, cualquiera de ambos.