el padding, las lineas y demas suman ancho?

[sanxuan]

Lo que ocupa un div es la suma del tamaño de sus bordes más el padding más el tamaño del contenido que se define con width y height.
Para calcular el espacio que necesita debes tener en cuenta además los márgenes que sin formar parte del div mantienen a éste separado del resto de los elementos de la página.
La segunda pregunta no tiene una única respuesta. Va a depender de cómo estés maquetando la página.
En ocasiones bastará con cambiar de lugar la etiqueta dentro del HTML y en otras será mejor cambiar el css.