Por mysql puedes sacar la cantidad de minutos en un campo extra y luego por mysql solo sacas el promedio entre esos valores.
Para sacar la cantidad de minutos entre un campo y otro haz esto:
Código:
SELECT TIMESTAMPDIFF(MINUTE, hora_ingreso, hora_fin) as minutos
FROM tabla
Y para poner el promedio es cosa que vayas sumando este valor y despues lo divides por las veces que se ha sumado:
Código PHP:
$contador = 0;
while(...){
$valorASumar = $valorASumar + $campoMinutos;
$contador++;
}
$promedio = $valorASumar/$contador;
Suerte!