Yo personalmente no uso la coma para hacer los JOIN porque tienden a generar errores cuando dos campos de dominio distinto en ambas tablas tienen el mismo nombre.
En cualquier caso, en tu ejemplo se ve que el tema del JOIN no está completamente comprendido: Para relacionar dos tablas por medio de una FK no buscas que coincidan cada una con un valor dado, sino que coincidan los valores de los campos en ambas tablas. El valor buscado es el filtro del WHERE.