Hola.
En mi caso yo programo en PHP. No si sabes usar PHP pero yo uso require_once("")
Por ejemplo, el html del header uso algo así (desde luego, depende de cada página como sea el diseño):
El código anterior lo guardo como un archivo "encabezado.php"
Y en cada página incluyo la siguiente sentencia:
Código PHP:
Ver original<?php require_once("carpeta/encabezado..php");?>
Y listo !!!
Pero desde luego, cómo te decía se debe tener conocimientos en PHP. Espero haberte ayudado al igual como lo hicieron los demás compañeros.